Oxfordの辞書等を当たったところ、
　 en_GBでは、ヨクト
　 en_USでは、ヨクトとヤクトが半々
　 とのことでした。

　　YoctoProjectの中の人の発音をプレゼンテーションのビデオで聴き比べましたが
　　両方使われています。
　　ヨーロッパ系の方は、「ヨクト」と発音する方が多く、アメリカ、特にインテルの
　　方は「ヤクト」と発音する方が多かったです。