bitbake linux-xxx -c devshell で、該当するデバイスツリーのソースファイルに変更を行った後に、git addコマンドでファイルの変更を登録し、git format-patch でパッチファイルを作成、といった流れが一般的ですが、使用するカーネルのレシピによっては、do_patchの後で、独自にdtsファイルに変更を加えている場合もあります。
レシピ内で独自の手法でdtsファイルに変更を加えている場合は、bbappend で追加のタスクの定義を行い、その中で最終的に使用したいデバイスツリーソースが生成されるようなスクリプトを記述する方法が良いと考えます。