本件回答します。

実機がないためビルドPC上でimx-image-coreを作成し、${IMAGE_ROOTFS}のディレクトリを調査した結果となります。

ルートディレクトリでifconfigというファイルを検索しました。

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$ find -name ifconfig
./usr/lib/opkg/alternatives/ifconfig
./bin/ifconfig
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alternativesが設定されている事がわかります。その設定内容を確認するとnet-tools側のifconfigのほうが優先度が高いことがわかります。

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$ cat ./usr/lib/opkg/alternatives/ifconfig
/bin/ifconfig
/bin/busybox.nosuid 50
/bin/ifconfig.net-tools 100
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ifconfigの実体を確認します。

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ls -l ./bin | grep ifconfig
lrwxrwxrwx 1 user user 23 3月 9 2018 ifconfig -> /bin/ifconfig.net-tools
-rwxr-xr-x 1 user user 68K 3月 9 2018 ifconfig.net-tools
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このことから、net-tools側のifconfigが使用されていることがわかります。

alternativeの仕組みを使用して、使用するifconfigをbusyboxのものにする場合、

「update-alternatives --config ifconfig」を実行し、表示された一覧の中からbusyboxの番号を選択します。
詳しい使用方法は下記がわかりやすいかと思います。

https://qiita.com/kuwa_tw/items/cfba33d0678b621808a8

手動でシンボリックリンクを貼り直すことでも対応可能です。その場合下記を実行します。

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$ ln -sf /bin/busybox.nosuid /bin/ifconfig
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alternativesの機能が働いているためbusyboxとnet-toolsが同時に存在することで競合などは発生しないと考えます。
また、機能的にもnet-toolsのifconfigを使用することで問題が発生するとは考えづらいですが、
あえてbusyboxのバージョンを使用したい理由などはあるのでしょうか？
もし無いようでしたら現在の状態でも問題は無いと考えます。

回答します。

まず最初に、bitbakeした時点でbusyboxのifconfigが有効になる方法です。

任意のレイヤに「recipes-core/busybox/busybox_%.bbappend」を下記の内容で作成します。

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ALTERNATIVE_PRIORITY[ifconfig] = "150"
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これにより、ROOTFS_POSTPROCESS_COMMANDのタイミングで実行されるalternativeの処理で、busyboxのifconfigが採用されるようになります。

以下は参考情報となります。

■ net-tools版ifconfigとnetplanについて

> net-tools パッケージによるものは「netplan」を採用しており、

これは基本的には正しくなく、netplanが使用されることとnet-toolsのifconfigが使用されることは直接関係ありません。
netplanを使用したくない場合はnetplanパッケージを除外するのが本来の選択肢かと存じます。

■ imx-yocto-bspのデフォルトのネットワーク設定について

特にカスタマイズを行っていないimx-yocto-bspの環境ではinitプログラムにsystemdが採用されるようになっており、ネットワーク設定処理は、netplanではなく「systemd-networkd」が使用されるようになっています。

kawabata0820様の環境でどのようなカスタマイズを行っているか情報が無いため実際にはどのようになっているかはわかりかねますが、本来、ifup/ifdownによるネットワーク設定を採用するためにはinitプログラムをsysvinitに変更するなどカスタマイズが必要となります。

また、ifup/ifdownを使用することとifconfigがbusybox/net-toolsのどちらかであることは直接関係ありません。

■ busyboxについて

busyboxは古くからある組み込み環境においてストレージ容量を節約するために、1つのバイナリで複数のlinuxコマンドを提供するためのものとなります。
1つのバイナリ(busybox.nosuid)に対し、コマンド名でシンボリックリンクを作成することで、複数のコマンドの機能を提供するためのものとなっています。そのため、busyboxで提供されるコマンドは、本来のコマンドと比較して対応するオプションが少ないなど制限がある場合が多く、
ストレージ容量に余裕がある場合は、busyboxじゃない本来のコマンドを使用するほうが推奨されます。

ですので、今回のようにbusyboxを優先させたいケースは稀で、設計的に問題がある可能性を疑うほうが良いことが多いです。

また、Yocto Projectの環境ではAlternativesの機能を採用しているため、busyboxと本来のコマンドを提供するパッケージが競合しても、動作に問題が無いようになっているため、基本的に重複を気にする必要はありません。

> ※ifconfig以外にも、パッケージ・BusyBoxと重複するコマンドがあれば、
> ご連絡いただければ幸いです。

こちらについては、下記の理由で実施が難しいと判断します。

1. 機械的に調査する方法が無い
2. kawabata0820様の環境の詳細がわからない

以上となります。